El primitivo Jardín Botánico fue ideado por el rey Fernando VI a orillas del río Manzanares en el año 1755 pero fue Carlos III quien dos décadas después, lo trasladó al lugar donde se encuentra emplazado en la actualidad con el objetivo de formar parte del proyecto del Salón del Prado. El diseño corrió a cargo de Juan de Villanueva, el mismo arquitecto del Gabinete de Ciencias que hoy conforma el Museo del Prado, junto con Sabatini y el botánico Casimiro Gómez Ortega. Estos ilustrados planearon un espacio dividido en terrazas donde poder plantar especies de todos los rincones del mundo, consiguiendo un espléndido jardín además de otros espacios como un invernadero, un semillero, un herbario, una biblioteca y un aula de Botánica. En la actualidad es un organismo dependiente del CSIC que sigue cumpliendo su labor de investigación albergando más de 500 especies y un importante archivo.