En la actualidad el museo cuenta con tres fachadas clásicas dedicadas a tres pintores españoles -Murillo, Velázquez y Goya-, siendo la principal la que mira al Paseo del Prado y en la que podemos encontrar un pórtico clásico con la representación de “Fernando VII recibiendo los tributos de Minerva y de las Bellas Artes” realizado por Ramón Barba en el año 1931 como alegoría a la promoción a las artes llevada a cabo durante su mandato. En la actualidad, el edificio neoclásico diseñado por Juan de Villanueva se complementa con la ampliación que fue llevada a cabo por el arquitecto Rafael Moneo en el año 2007 y que consistió en disponer del claustro de la cercana iglesia de los Jerónimos y el espacio de unión entre ambos edificios para crear nuevas zonas donde ubicar talleres, oficinas y salas de exposiciones temporales. En el futuro se llevará a cabo otro proyecto de ampliación por parte del prestigioso arquitecto Norman Foster que incluirá el Salón de Reinos del extinguido Palacio del Buen Retiro en el conjunto museístico.