L'église de Santo Tomé se dresse sur l'emplacement occupé par une ancienne mosquée. Depuis le 12ème siècle, c'est une église chrétienne avec la dédicace de Saint Thomas l'Apôtre. À l'extérieur du bâtiment, se distingue la tour élancée en maçonnerie, brique et céramique vernissée, ce qui en fait un bel exemple d'architecture mudéjare. Cependant, cette église est l'un des endroits les plus visités de Tolède pour exposer à l'intérieur un célèbre tableau : L'enterrement du seigneur d'Orgaz.

Au XIVe siècle, l'église était en ruine, mais grâce à la générosité et aux dons de Gonzalo Ruiz de Toledo, seigneur d'Orgaz, sa reconstruction commença, comme cela s'était déjà produit pour d'autres paroisses de Tolède. À sa mort en 1323, le seigneur d'Orgaz demanda dans son testament d'être enterré dans une chapelle discrète de l'Église et favorisa la paroisse avec une importante donation annuelle, qu'il cessa de verser au fil des années jusqu'en 1564. Cette année-là, le curé de l'Église intenta une action en justice pour réclamer ce à quoi il avait droit et, après avoir gagné le procès, il utilisa l'argent reçu pour honorer le bon bienfaiteur et raconter ce qui est arrivé à sa mort. Selon la légende, pendant la liturgie des morts, saint Augustin et saint Étienne descendirent du ciel pour enterrer le noble, tandis qu'une voix céleste disait : « Une telle récompense est reçue par ceux qui servent Dieu et ses saints. » En 1586, on commence le tableau qui deviendra le chef-d'œuvre du Greco : L'Enterrement du seigneur d'Orgaz.