La Chiesa di Santo Tomé sorge sul sito occupato da un'antica moschea. Dal XII secolo è stata una chiesa cristiana con la dedicazione di San Tommaso Apostolo. All'esterno dell'edificio risalta la snella torre in muratura, mattoni e ceramica smaltata, che lo rende un bell'esempio di architettura mudéjar. Tuttavia, questa chiesa è uno dei luoghi più visitati di Toledo per l'esposizione di un famoso dipinto al suo interno: La sepoltura del Signore di Orgaz.

Nel Nel XIV secolo la Chiesa era in rovina, ma grazie alla generosità e alle donazioni di Gonzalo Ruiz de Toledo, signore di Orgaz, iniziò la sua ricostruzione, come era già avvenuto con altre parrocchie di Toledo. Alla sua morte, avvenuta nel 1323, il Signore di Orgaz chiese nel suo testamento di essere sepolto in una discreta cappella della Chiesa e favorì la parrocchia con una cospicua donazione annuale, che smise di pagare nel corso degli anni fino al 1564. In quell'anno, il parroco della Chiesa intraprese un'azione legale per rivendicare ciò che gli spettava e, dopo aver vinto il processo, utilizzò il denaro ricevuto per onorare il buon benefattore e raccontare ciò che accadde alla sua morte. Secondo la leggenda, durante la liturgia dei defunti, sant'Agostino e santo Stefano scesero dal cielo per seppellire il nobile, mentre una voce celeste dal cielo diceva: "Tale premio viene ricevuto da coloro che servono Dio e i suoi santi". Nel 1586 fu iniziato il dipinto che sarebbe diventato il capolavoro di El Greco: La sepoltura del signore di Orgaz.